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中國(guó)學(xué)者如何發(fā)高水平綜述文章-記(上海交大趙立平)

時(shí)間:2014-05-05來(lái)1源:博士人才網(wǎng) 作者:91boshi
不久前,武夷山老的博文

引發(fā)了關(guān)于為何中國(guó)學(xué)者發(fā)表的高水平綜述偏少的熱議,《科技導(dǎo)報(bào)》記者李娜對(duì)此撰寫了報(bào)道,發(fā)表在2014年第10期上,題目是,“中國(guó)高水平綜述緣何產(chǎn)量低”。

 

       如果把在《自然》雜志的Nature Reviews系列刊物發(fā)表綜述看作是比較高水平的綜述的話, 我國(guó)學(xué)者第一篇該系列的綜述是2003年由當(dāng)時(shí)的北京基因組研究所,現(xiàn)在的深圳華大基因研究院的王俊為第一作者發(fā)表在Nature Reviews Genetics上的。從那一年開始,中國(guó)學(xué)者在Nature Reviews系列刊物發(fā)表綜述的數(shù)量逐年呈上升趨勢(shì)(見圖),到這個(gè)月累計(jì)發(fā)表60篇。這標(biāo)志著中國(guó)學(xué)者在相應(yīng)的學(xué)科領(lǐng)域的學(xué)術(shù)地位在逐步上升。

 

 

      我本人在Nature Reviews系列刊物發(fā)表過(guò)2篇論文。一篇是賈偉教授牽頭,我參加了部分工作,2008年發(fā)表在Nature Reviews Drug Discovery上面;另一篇是我獨(dú)立撰寫,2013年發(fā)表在Nature Reviews Microbiology上面。

 

       Nature Reviews系列刊物一般是由編輯發(fā)現(xiàn)和確定選題,然后邀請(qǐng)?jiān)摲较虻臋?quán)威學(xué)者撰寫綜述。當(dāng)然,也有作者自己把設(shè)想報(bào)給編輯部,經(jīng)過(guò)編輯同意以后撰寫發(fā)表的。2008年與賈偉教授合作的綜述是我和他與帝國(guó)理工的Nicholson教授多次聊天形成的設(shè)想,即把腸道菌群作為一個(gè)藥物的靶標(biāo),進(jìn)行新藥的開發(fā)。后來(lái),賈教授把這個(gè)思路整理以后,與Nature Reviews Drug Discovery的編輯聯(lián)系,對(duì)方表示感興趣,然后開始撰寫、投稿、修改,最終發(fā)表的。(http://www.nature.com/nrd/journal/v7/n2/abs/nrd2505.html) 

 

       2011年5月底,我在美國(guó)微生物學(xué)會(huì)111屆年會(huì)開幕式上做了大會(huì)報(bào)告,Nature Reviews Microbiology (NRM)的編輯Andrew Jermy在會(huì)場(chǎng)上聽了以后,對(duì)我講的用“全微生物組關(guān)聯(lián)分析”尋找與肥胖等慢性病有關(guān)系的腸道細(xì)菌的內(nèi)容很感興趣。會(huì)后,他發(fā)來(lái)電子郵件,問(wèn)我是不是愿意寫一篇關(guān)于用高通量測(cè)序和全微生物組關(guān)聯(lián)分析研究腸道菌群與肥胖等慢性病關(guān)系的綜述。接到這個(gè)邀請(qǐng),我的確小小興奮了一下,感覺這是一個(gè)很好的機(jī)會(huì)。當(dāng)然,也同時(shí)感到挺有壓力,要寫好,的確不容易。答應(yīng)了Andrew以后,我就開始收集資料和構(gòu)思文章。特別是絞盡腦汁,提煉文章的核心觀點(diǎn)。期間看了大量的文獻(xiàn),也與我們組的老師和同學(xué)做了大量討論,但是,那個(gè)令人看了能興奮起來(lái)的觀點(diǎn)似乎就在離我不遠(yuǎn)處,可就是千呼萬(wàn)喚不出來(lái)。無(wú)論是NRM的刊物本身的定位,還是我自己對(duì)這篇綜述的要求,都是很高的:要站在學(xué)科最前沿,為未來(lái)5-10年的發(fā)展方向提出自己獨(dú)到的見解。我希望這篇綜述讓任何同行讀了,都有新的收獲,不但對(duì)原有的科學(xué)證據(jù)產(chǎn)生新的看法,而且對(duì)下一步如何繼續(xù)深入探討本領(lǐng)域最重要的問(wèn)題:“腸道菌群結(jié)構(gòu)變化與肥胖等慢性病發(fā)生發(fā)展之間是否存在因果關(guān)系”——能夠產(chǎn)生全新的研究思路。

 

       這樣的定位,決定了其產(chǎn)生過(guò)程必然是很艱難的。一開始,用類似“全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)”的方法做“全微生物組關(guān)聯(lián)分析(MiWAS)”的觀點(diǎn)是很新穎的,但是,這種研究策略依然只能解決哪些腸道細(xì)菌種類與肥胖的發(fā)生有關(guān)聯(lián),并不能為解決“先有雞,還是先有蛋”的因果關(guān)系問(wèn)題提供太多幫助。當(dāng)時(shí),已經(jīng)有不少用這種策略做出的高水平的論文,如果僅僅對(duì)它們進(jìn)行綜述,是比較容易的。不過(guò),對(duì)于下一步如何發(fā)展,可能很難提出有震撼力的新思路和新觀點(diǎn)。而且,我們實(shí)驗(yàn)室做的僅僅依靠測(cè)序來(lái)做相關(guān)分析的文章并不多,這就勢(shì)必導(dǎo)致我的綜述是以他人的論文為主,自己的工作引用并不多的局面,這是我不愿意看到的。

 

      在這兩個(gè)想法的驅(qū)使下,我開始和Andrew商量,把文章的思路從用高通量測(cè)序做關(guān)聯(lián)分析提高到討論如何研究腸道菌群與肥胖病的因果關(guān)系層面上來(lái)。對(duì)于這樣的改動(dòng),他是認(rèn)可的。那時(shí)候,我們已經(jīng)發(fā)現(xiàn),從一個(gè)重度肥胖癥患者體內(nèi)分離的一株條件致病菌在無(wú)菌動(dòng)物模型中可以引起肥胖癥狀,我希望把這個(gè)工作發(fā)表以后寫到綜述里面;另外,我們做了123個(gè)肥胖志愿者的營(yíng)養(yǎng)干預(yù)臨床試驗(yàn),結(jié)果表明,改變腸道菌群與癥狀改善是有關(guān)系的,因此,也希望這個(gè)結(jié)果能發(fā)表以后放到綜述里面。所有這些想法,Andrew都表示理解,當(dāng)然,這樣就會(huì)推遲綜述的發(fā)表時(shí)間。我并不急著發(fā)這篇綜述,我希望自己好好用功,把它寫成一篇經(jīng)得起時(shí)間考驗(yàn)的綜述,也希望這篇綜述能把我們的主要工作都引用上,介紹給世界同行。

 

      我們從肥胖病人腸道里分離到一個(gè)過(guò)度生長(zhǎng)的病菌,接種給無(wú)菌鼠,可以復(fù)制出肥胖的典型癥狀的研究,其實(shí)遵循了研究傳染病病因的“科赫法則”,確認(rèn)了人的腸道里的確有能引起肥胖的細(xì)菌的存在。這雖然只是一個(gè)案例研究,但卻為研究腸道菌群與肥胖這樣的慢性病的關(guān)系提供了一個(gè)新的思路:我們可以像研究一種傳染病的致病因子那樣,從腸道里面分離和研究慢性病的致病因子。由于科赫法則是證明一種病菌與一種疾病之間因果關(guān)系最強(qiáng)的“邏輯法則”,如果我們的研究能滿足這套法則的要求,我們提出的證明腸道細(xì)菌可以引起肥胖的證據(jù)就是最有說(shuō)服力的。因此,經(jīng)過(guò)將近一年的掙扎,一個(gè)有震撼力的新觀點(diǎn)終于清晰地展現(xiàn)在我的面前了:按照科赫法則的邏輯結(jié)構(gòu),對(duì)現(xiàn)有的證據(jù)進(jìn)行整理,然后,再提出,為了證明腸道菌群與肥胖病的因果關(guān)系,還需要繼續(xù)做哪些工作。這樣一個(gè)觀察問(wèn)題的角度和框架,在腸道菌群與慢性病關(guān)系研究領(lǐng)域是沒(méi)有人明確提出過(guò)的。因此,在我們按照這個(gè)思路研究的主要論文發(fā)表以后,我也終于把寫了足足有20稿的綜述交給了編輯Andrew。他看了以后,告訴我,他很喜歡讀我這篇東西,并給我提出了很多非常好的修改建議。就在我進(jìn)行修改的過(guò)程中,Andrew告訴我,他調(diào)到Nature本刊去工作了,我的綜述由NRM的主編Sheilagh Molloy繼續(xù)負(fù)責(zé)編輯。和Sheilagh的合作同樣是非常愉快的。經(jīng)過(guò)幾個(gè)月的努力,稿子終于送去審稿了。2013年4月23日審稿意見回來(lái)了,共有3位審稿人提出了修改意見。總的來(lái)說(shuō),大家還是很認(rèn)可文章的寫法的,其中一位評(píng)價(jià)說(shuō):該文章把已經(jīng)被很多綜述用過(guò)的文獻(xiàn)以一個(gè)獨(dú)特的思路重新組織起來(lái),令人耳目一新。當(dāng)然,大家也提了很多修改意見。我對(duì)照他們的意見,逐條進(jìn)行了修改,如果不同意審稿人的說(shuō)法,就給予詳細(xì)的解釋。文章經(jīng)我修改以后,NMR的一位文字編輯又對(duì)文章做了非常細(xì)致的修改。當(dāng)然,每一處修改,哪怕只是一個(gè)標(biāo)點(diǎn)符號(hào),我都仔細(xì)核對(duì),看是否能接受。最后,論文里的兩幅圖,也經(jīng)過(guò)美術(shù)編輯的重新繪制變得漂亮多了。7月30日,Sheilagh告訴我,論文已經(jīng)簽發(fā)了,將會(huì)在8月5日上線,并在9月這一期出版。(http://www.nature.com/nrmicro/journal/v11/n9/abs/nrmicro3089.html) 

 

      8月5日,論文上線后一個(gè)小時(shí),Sheilagh把pdf版發(fā)給我了?粗@篇文章,仔細(xì)地讀著每一個(gè)似乎已經(jīng)讀過(guò)無(wú)數(shù)遍的字,有一種無(wú)法抑制的喜悅從心頭升起?粗@篇令我嘔心瀝血了2年多才發(fā)表的文章,有一種看到孩子出生的神圣感。

 

      在NRM發(fā)這篇綜述,一切都起因于在美國(guó)微生物學(xué)會(huì)年會(huì)的大會(huì)開幕式報(bào)告。NatureReviews系列刊物的編輯每年都會(huì)參加很多學(xué)術(shù)會(huì)議,把握前沿動(dòng)態(tài),發(fā)現(xiàn)新的選題,邀請(qǐng)寫綜述的專家。

 

       隨著越來(lái)越多的中國(guó)學(xué)者在國(guó)際會(huì)議上做報(bào)告,相信,他們的研究課題會(huì)更多地得到這些編輯的關(guān)注,從而被邀請(qǐng)寫相關(guān)的綜述。當(dāng)然,如果你自認(rèn)為有很好的選題,你可以直接與編輯聯(lián)系,問(wèn)他們是不是感興趣。就像賈偉教授那樣的毛遂自薦,也是發(fā)表高水平綜述的好路子。

 

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